W przeciwieństwie do mikroskopu złożonego, który widzi tylko bardzo cienką próbkę, mikroskopy stereo mogą być używane do oglądania prawie wszystkiego, co można zmieścić pod nimi. Jednak mikroskopy stereo oferują mniejsze powiększenie, zwykle 2,5x-50x, w porównaniu do mikroskopów złożonych. 

Potrzebujesz mikroskopu stereo, aby zobaczyć bardziej znaczące próbki. Ponadto nie musisz robić slajdu mikroskopowego dla mikroskopów stereo. Możesz zaobserwować: pióro papugi, płytę obwodową, piaski gwiazdkowe, kryształy, biżuterię, liście, truskawki, pszczoły, rachunki, odciski palców i inne. 

Mikroskopy stereo są rozgałęzione od innych mikroskopów świetlnych do zastosowania przeglądania obiektów "3D". Obejmują one istotne okazy, takie jak owady, pióra, liście, skały, ziarna piasku, klejnoty, monety i znaczki itp. Funkcjonalnie mikroskop stereo jest jak potężne szkło powiększające. W przeciwieństwie do mikroskopu złożonego, który oferuje płaski obraz, mikroskopy stereo dają widzowi trójwymiarowy obraz, który można zobaczyć teksturę większej próbki.