Mikroskopy stereo są rozgałęzione od innych mikroskopów świetlnych do zastosowania przeglądania obiektów "3D". Obejmują one istotne okazy, takie jak owady, pióra, liście, skały, ziarna piasku, klejnoty, monety i znaczki itp. Funkcjonalnie mikroskop stereo jest jak potężne szkło powiększające. W przeciwieństwie do mikroskopu złożonego, który oferuje płaski obraz, mikroskopy stereo dają widzowi trójwymiarowy obraz, który można zobaczyć teksturę większej próbki.